วัดคลองขุด ตั้งอยู่ที่ หมู่ 1 ตำบลคลองขุด อำเเภอท่าใหม่ จังหวัดจันทบุรี
คลองขุดเป็นชุมชนเก่าแก่ไม่ปรากฏหลักฐานชัดเจนว่าก่อตั้งขึ้นเมื่อใด แต่มีผู้เล่าสืบต่อกันมาว่า สาเหตุที่เรียกว่า คลองขุด เนื่องจากมีการขุดคลองขนาดเล็ก หลายคลองด้วยกันในตำบล เพื่อให้เรือประมงขนาดเล็กสามารถแล่นออกไปยังคลองขนาดใหญ่ คือคลองรำพัน ซึ่งจะไหลลงสู่ทะเลอ่าวไทย
ก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2435 โดยมีผู้จัดตั้งคือ พระครูพิธานพัฒนกิจ อดีตเจ้าอาวาส
จากอดีตวัดคลองขุดเป็นที่ต่ำ น้ำท่วมถึง มีน้ำทะเลหนุน จึงมีการปรับถมให้สูงขึ้นเพื่อสร้างศาลาการเปรียญ เมรุ
วัดคลองขุดมีเจ้าอาวาสมาทั้งหมด 6 คน คือ หลวงปู่พร้อย หลวงปู่คล้อย หลวงปู่ผัด หลวงปู่ย้อย หลวงปู่เชิด หลวงปู่ต่อ ปัจจุบันวัดคลองขุดมีพระสงฆ์ทั้งหมด 6 รูป เจ้าอาวาสคนปัจจุบันคือ พระมหาวารี เขมธัมโม